电泳仪分类有多种。
1、按分离目的可分：实验室电泳仪和工业电泳仪。
2、按分离原理可分：色谱电泳仪、区带电泳仪、凝胶电泳仪、等电聚焦电泳仪、等速电泳仪和移动界面电泳仪（自由电泳仪）等。
3、按分离装置可分：毛细管电泳仪、芯片电泳仪、U型管电泳仪、纸电泳仪、薄膜电泳仪、薄层电泳仪、平板电泳仪和圆盘管式电泳仪等。
4、按分离对象的离子属性可分：无机离子电泳仪和有机离子电泳仪。
5、按分离对象的荷电性质可分：阴离子电泳仪、阳离子电泳仪和中性分子电泳仪。
6、按分离对象的属性可分：无机物电泳仪和有机物电泳仪。
7、按分离化合物的分子量可分：小分子化合物电泳仪和大分子化合物电泳仪（高分子化合物电泳仪）。
8、按分离规模可分：微型电泳仪、小型电泳仪和大型电泳仪。
9、按功能可分：分析型电泳仪和制备型电泳仪。
10、按作用可分：定量分析电泳仪和定性分析电泳仪。
11、按进样自动性可分：手动进样电泳仪和自动进样电泳仪。
12、按操作方式可分：连续电泳仪和非连续电泳仪。
13、按电泳次数和方向可分：一维电泳仪和二维电泳仪（双向电泳仪）等。
14、按应用范围可分：电泳仪和通用电泳仪。
15、按产地可分：国产电泳仪和进口电泳仪。
16、按有无载体可分：载体电泳仪和无载体电泳仪。
17、按载体位置可分：水平电泳仪和垂直电泳仪等。
18、按pH连续性可分：连续pH电泳仪和非连续pH电泳仪。
19、按分离后物质是否变性可分：变性电泳仪和非变性电泳仪。
20、按电泳方式可分：端电极电泳仪和搭桥电泳仪。
21、按电压可分：低压电泳仪和高压电泳仪。
22、按电源控制可分：恒压电泳仪、恒流电泳仪和恒功率电泳仪。
23、按用途可分：生物电泳仪、制药电泳仪、化工电泳仪、食品电泳仪、蛋白质电泳仪、多肽电泳仪、氨基酸电泳仪、核酸电泳仪、酶电泳仪、DNA测序电泳仪、基因电泳仪、细胞电泳仪、生物活性分子电泳仪、糖类电泳仪、抗生素电泳仪、维生素电泳仪、两性离子电泳仪、科研型电泳仪、临床型电泳仪、医用电泳仪、血液电泳仪、血清电泳仪、血浆电泳仪、免疫电泳仪、手性对映体电泳仪、农药电泳仪、兽药电泳仪、土壤电泳仪和水质电泳仪等。